Евангелион 3.0+1.01: Как-то раз

Третий акт начинается с того, что мир лежит в руинах после Третьего удара. Аска, Мари и Синдзи, выжившие после событий предыдущего фильма, бредут по затопленной красной пустыне, которая когда-то была Японией. Они добираются до уцелевшего поселения, где живут люди, отказывающиеся от участия в планах Nerv и Wille. Здесь Синдзи, раздавленный чувством вины за то, что он натворил, и за смерть Каору, впадает в глубокую депрессию. Он перестает говорить и есть, превращаясь в живую тень. Аска, сама израненная и уставшая, пытается вытащить его из этого состояния грубой силой и циничными насмешками, но безуспешно. В этом постапокалиптическом убежище Синдзи встречает Кенске Аиду, своего старого друга, который теперь живет обычной жизнью, работает в поле и воспитывает приемную дочь. Именно Кенске, своим спокойствием и простым человеческим теплом, постепенно возвращает Синдзи к реальности, заставляя его снова взять в руки ложку и начать жить. Тем временем Мисато и остатки Wille готовят последнюю отчаянную атаку на штаб-квартиру Nerv, где Гендо Икари заканчивает подготовку к Собственному Дополнению Человечества — проекту, который должен стереть все границы между людьми, превратив их в бессмертную, однородную субстанцию.

Финальная битва разворачивается в небе над Токио-3, где сталкиваются флот Wille, Евангелионы и бесчисленные копии боевых ангелов. Синдзи, наконец обретя волю к действию, садится в Еву-01, чтобы остановить отца. Внутри пространства дополнения, где время и пространство теряют смысл, происходит их последний разговор. Гендо раскрывает свои истинные мотивы: он не хотел уничтожать мир, он просто хотел снова увидеть Юи, жену, и избавить Синдзи от страданий, забрав его в мир без боли. Но Синдзи отвергает этот путь. Он принимает всю боль, все предательства и всю радость, которые приносит жизнь с другими людьми. Он понимает, что одиночество и страдания — это цена за возможность быть собой. В финале Синдзи переписывает реальность: он уничтожает все Евангелионы, освобождает души пилотов, включая Аску и Рей, и создает мир без Евангелионов. Взрослые, включая Мисато и Гендо, принимают свои ошибки и прощаются с детьми. Синдзи, Аска и Рей расходятся, чтобы начать новую жизнь в мире, где нет боевых роботов, но есть будущее. В самой последней сцене повзрослевший Синдзи бежит по перрону станции, а рядом с ним стоит Мари, единственная, кто помнит все, что было. Они снимают ошейники-взрыватели и выбегают в реальный мир, оставляя анимацию и метафоры позади. Это не счастливый конец в привычном смысле, а мучительное, но честное взросление, где главный герой наконец-то говорит себе: «Я не сбегу».